Der Verein der Freunde und Förderer des Naturwissenschaftlichen Museum Flensburg e.V., 1993 gegründet, unterstützt Ausstellungen, Sammlungen, kulturelle und pädagogische Aktivitäten sowie Forschungen am Museum. Der Verein bietet viele Möglichkeiten, sich im und für das Naturwissenschaftliche Museum einzusetzen.