Der FJR organisiert Lehrgänge zur Ausbildung von Jugendgruppenleitern/innen, Bildungsseminare und Workshops, er ist verantwortlich für den jährlich stattfindenden trilateralen Jugendaustausch der Partnerstädte Flensburgs und vertritt die Interesse der Jugend Flensburgs in verschiedenen Gremien. Es besteht eine vertrauensvolle Zusammenarbeit mit der Kommunalpolitik und der Verwaltung der Stadt Flensburg.

Der Flensburger Jugendring ist außerdem der Träger des Jugendtreff »exxe«.